（二〇〇六年三月二十九日公告）
十届全国人大常委会第十六次会议审议了审计署审计长李金华受国务院委托所作的《关于2004年度中央预算执行和其他财政收支的审计工作报告》，要求国务院责成有关部门和地方人民政府切实加强整改。国务院十分重视这项工作，温家宝总理多次主持召开国务院常务会议，部署审计查出问题的整改工作，要求国务院各部门和有关单位自觉接受审计监督，认真落实审计决定，坚决纠正存在的问题，给人民群众一个负责、满意的答复。各部门和有关单位按照温家宝总理指示，认真进行整改。总的看，2004年度审计查出问题的纠正情况是好的。通过审计，促使有关被审计单位上缴财政各项资金11.83亿元，追回和归还各类被挤占挪用的资金41.64亿元，按规定拨付使用滞留、闲置的资金117.62亿元。另外，各级政府、有关部门和被审计单位根据审计建议完善各项制度规定472项，审计署向有关主管部门和纪检监察、司法机关移送各类案件线索114起，213人受到处分，76人被依法逮捕、起诉或判刑。
一、中央预算管理中存在问题的纠正情况
（一）关于中央部门人均基本支出水平差距较大的问题。财政部将通过进一步推进预算管理改革，合理界定各部门各单位维持正常运转、完成日常工作任务所需基本支出的范围，逐步缩小中央部门及所属事业单位基本支出水平存在的不合理差距。
（二）关于人民银行、广电总局的收支未完全纳入中央预算的问题。对人民银行的财务收支均未在中央预算收支中体现，且人均基本支出水平过高的问题，财政部采取以下整改措施：一是对人民银行实行费用专户管理；二是要求人民银行费用支出预算严格按部门预算方式编报；三是修订人民银行现行财务制度和预算管理制度，进一步提高人民银行预算编制的规范性；四是进一步完善人民银行预算科目设置和审核程序。对广电总局的收支未全部纳入预算管理的问题，财政部从2005年起，已将广电总局集中的中央电视台4亿元收入纳入预算。从2006年起，将全面取消广电总局集中中央电视台收入留作自用的做法，并对中央电视台实行“事业单位，企业化管理”的新体制。探索经验后,将比照此做法解决集中中央人民广播电台资金的问题。
（三）关于有的中央本级支出预算与补助地方支出预算划转不规范的问题。财政部正积极与有关部门协调，逐步理顺现行政策与预算管理制度的关系。同时，将督促有预算分配权的部门，严格按照国务院规定的年初预算到位率的要求，做好预算编制的前期准备工作，进一步提高预算的准确性，减少预算执行中的上下划转。
（四）关于未完全将公有住房出售收入统筹用于职工住房补贴的问题。财政部采取以下整改措施：一是会同国管局等有关部门调整公有住房出售收入分配管理政策；二是在编制2006年购房补贴预算时，要求在京中央行政事业单位优先动用公有住房出售收入，并如实反映公房出售收入结余情况。
（五）关于124个县际和农村公路改造项目以多种名义重复申报或多报建设规模获取中央补助资金的问题。发展改革委采取5项整改措施：一是会同交通部制定下发《农村公路改造工程管理办法》，对农村公路规划、计划、建设、施工等全过程进行了规范；二是要求各地尽快编制完成“十一五”期间农村公路建设规划，原则上要依据规划申报年度计划；三是对多报建设规模的项目和地区，实施暂缓审批项目或暂缓安排投资等制裁措施；四是规范了调整建设方案的审核程序，如建设方案或投资安排有重大调整，需逐级上报审批；五是加强项目稽察工作，及时发现问题，及时纠正。
（六）关于有的基本建设项目安排不完全符合相关政策目标要求的问题。发展改革委今后将进一步明确每个专项投资的安排范围。
（七）关于发展改革委在安排中央预算内投资时直接预留74.8亿元，实际年初落实到项目的资金未达到总量的75%问题。发展改革委在编制2006年中央预算内投资计划时，年初下达到具体项目的比例已超过75%；对《中共中央国务院关于促进农民增加收入若干政策的意见》要求在2004年开始实施的“优质粮产业工程”、“动物防疫体系工程”，发展改革委在年底才下达国债投资计划，以及其他部分国债投资计划下达迟缓的问题，发展改革委将会同有关部门进一步加强项目前期准备工作，及时下达计划。
二、中央部门预算执行中存在问题的纠正情况
（一）关于12个部门存在预算编报不真实的问题。已有10个部门将虚报多领的预算资金3.9亿元纳入下年度部门预算统筹安排，并将1585.87万元上缴中央财政，纠正率为83%。另外2个部门正与主管部门协商，争取尽快纠正到位。
（二）关于26个部门违规转移挪用财政性资金10.75亿元的问题。已有23个部门按照审计决定要求予以纠正，涉及金额8.73亿元，纠正率为81%。对尚未纠正的问题，有关部门已制定还款计划，正在逐步落实。对体育总局在体育彩票管理中存在的问题，已采取以下整改措施：一是对体育彩票管理中心经体育总局批准购买的综合楼，财政部要求综合楼产权归体育彩票管理中心所有，体育总局正在办理综合楼产权变更手续；二是对体育彩票管理中心所办的2家公司提取的个人奖酬金1.31亿元，已将尚未发放的1.29亿元调增公司2005年期初未分配利润；三是对体育彩票管理中心负责人弄虚作假，人为增加进口电脑彩票专用热敏纸购买环节，致使彩票发行费流失2341万元的问题，体育总局已采取措施，停止与不具备进出口经营权的私营企业的合作，有关部门也已立案审查。
关于19个部门或其下属单位隐瞒截留财政资金和其他收入，设置账外账、“小金库”3.5亿元的问题。已有17个中央部门或其下属单位撤销账外账、“小金库”账户，纳入部门预算管理2.62亿元，上缴中央财政760.71万元，纠正率为77%。对于尚未纠正的问题，有关部门正在调查处理中。
（三）关于31个部门挤占具有专项用途的资金21.42亿元的问题。已有23个部门作了纠正，合计金额14.97亿元，纠正率为70%。其余8个部门正在抓紧整改落实。另外，部分被挤占的资金由于用于弥补部门、单位日常运行经费，追缴困难，有关部门和单位将吸取教训，积极与主管部门协商妥善解决。
（四）关于3个部门违反规定擅自建设办公楼和培训中心的问题。对国土资源部未经批准自行立项建设航遥大厦的问题，国土资源部已向发展改革委报送了《关于国土资源部航遥大厦审计整改有关问题的请示》，申请补办立项审批手续。对民航总局所属空中交通管理局为回避审批，假借所办公司的名义，挪用资金购买银通大厦的问题，有关部门正在进一步查处。对旅游局违规建设旅游管理干部学院分院和后勤基地项目问题，旅游局已将有关项目停工。
（五）关于有些部门年初预算未全部落实到具体项目，造成资金滞留闲置，影响使用效益的问题。对科技专项资金年初仅有24%落实到具体项目且在12月25日以后拨付的资金达19亿元的问题，科技部正在研究改进科技项目管理机制，加强科技项目备选库建设，实现科技项目的滚动管理，切实提高年初预算分配到位率。对11个部门、单位截止到2004年底累计滞留闲置137亿元财政资金的问题，有关部门已下拨88.48亿元，纳入2005年部门预算10.12亿元，退还中央财政1.77亿元，纠正率为73%。对于尚未拨付的36.63亿元，有关部门将在确保项目建设质量和资金安全的前提下，尽快拨付资金，加快项目建设进度。
（六）关于国家物资储备局1994年以前累计借出的各类储备物资14亿多元未收回的问题。国家物资储备局成立公司清理和借贷物资清欠领导小组，已催还欠款、归还储备资金合计2.94亿元，追回借出物资铝锭175.74吨，整改工作取得一定成效。
关于2.27亿元中药材储备资金基本形成损失或被挤占挪用的问题。对符合核销政策规定的1608万元储备资金，发展改革委已责成中国医药集团总公司进行清理核销；对地方医药公司占用的1.03亿元储备资金，发展改革委正在积极组织清收；对中国医药集团总公司所属的中国药材集团未经批准将6550万元储备资金转为该公司实收资本的问题，发展改革委已与财政部沟通，督促中国医药集团总公司补办有关手续；对中国药材集团所属3个直属库将4300多万元储备资金用作管理费用的问题，发展改革委正在与财政部沟通，共同研究解决方案。
（七）关于部门决算（草案）编报中存在问题的纠正情况。对部门2004年度决算（草案）编报中存在的隐匿收入和结余、漏汇少计资产、漏汇少汇资金等编报不够真实规范的问题，有关部门已调整决算和账目28.09亿元，纠正率达91%。对于尚未纠正的问题，有关部门正在与财政部协商解决。
三、专项审计和审计调查发现问题的纠正情况
（一）审计和调查18所中央部属高校2003年度财务收支发现问题的纠正情况。教育部十分重视审计发现的问题，专门召开直属高校财务工作会议，针对高校收费、财务管理、科研课题管理、对外投资等方面存在的漏洞和薄弱环节，制定了8项规章制度，严格了高校财务管理和内部控制。
关于18所高校违规收费8.68亿元的问题。目前，各高校正在按照审计决定要求抓紧落实。教育部、发展改革委、财政部联合发出《关于做好2005年高等学校收费工作有关问题的通知》，进一步明确了收费政策和相关规定。发展改革委、教育部等7个部门还在全国范围内开展了教育收费专项检查。
关于不少高校大规模进行基本建设，造成债务负担沉重的问题。教育部、财政部下发了《关于进一步完善高等学校经济责任制加强银行贷款管理切实防范财务风险的意见》，教育部还发出《关于建立直属高校银行贷款审批制度的通知》，明确了高校贷款的责任、审批程序和贷款资金的管理办法，要求各高校制定切实可行的还贷计划，按照贷款本息归还的时间和额度合理安排调度资金，减少财务风险。
关于14所高校未将科研收入、收费、投资收益等6.16亿元作为收入管理，有的甚至滞留在所属单位坐收坐支的问题。有关高校均已按规定调整账目，纳入学校财务报表统一核算。关于13所高校有17397个科研课题已结题但未按规定结账，结存资金3.69亿元仍分散滞留在已结题项目的问题。教育部、财政部下发了《关于进一步加强高校科研经费管理的若干意见》，细化了高校科研经费的管理原则、工作程序、项目责任，要求科研项目结束后，项目负责人须在6个月内办理结账手续。由于上述问题涉及科研项目较多，且经费来源渠道较为复杂，结余资金处理需要一定时间，到目前为止，有2所高校全面完成了相关课题的结账工作，其余高校正在按规定进行整改。对清华大学所属北京清华阳光能源开发有限责任公司原总经理授意公司财务人员隐瞒销售收入，私设“小金库”，并以发放奖金、对外投资等名义支取大量现金的问题，有关部门正在进一步查处。
（二）审计和调查卫生部及北京市所属10家医院2003年度财务收支及相关药品、医疗器械购销发现问题的纠正情况。卫生部和被审计的10家医院高度重视审计发现的问题。卫生部专门下发了《关于进一步加强和改进部属（管）医院经济管理工作的意见》和《关于加强医疗机构财务部门管理职能、规范经济核算与分配管理的规定》，并将2005年定为“医院管理年”，在全国范围内规范和加强医院管理工作。10家医院认真落实审计决定，已上缴财政各项资金1281.51万元，归还原渠道5848.2万元，调整账目6.52亿元，审计决定落实率达95%以上。这次审计共移送有关部门和单位查处的案件线索11起，已有4人被批捕。
关于一些医药生产企业虚报成本和医药流通环节层层加价的问题。发展改革委正在采取措施，整顿医药市场价格秩序。一是大幅度降低22种药品价格，平均降价40%，降价金额约40亿元。二是决定选择部分药品试行从出厂环节开始控制价格，从源头抓起，并限制药品流通环节加价。目前，试点药品目录已公布，2006年内将制定具体价格。三是加强对实行市场调节价的药品和医疗器械的价格监管。四是积极准备尽快全面降低药品价格，压缩医院销售药品的实际加价率，以切实减轻群众负担。
关于医院采购中收取折扣、回扣，加重患者负担的问题，已按国家有关规定进行了处理。对其中形成的“小金库”已予以没收和罚款，对涉嫌个人收取回扣的问题，已移送有关部门处理。
关于医院违规收费的问题。10家医院对违规向患者多收取的1127万元收费，已按审计决定要求全部予以纠正。
（三）审计科技部、中科院、自然科学基金会及45个下属单位，并延伸审计其他9个科研单位科技经费发现问题的纠正情况。关于转移和挤占挪用科技经费的问题。对2个部门和45个科研单位转移、挤占挪用的6.69亿元科技经费等资金，已通过归还原渠道、调整预算、完善规章制度等方式纠正3.79亿元，纠正率为57%。其余被转移和挪用的科技经费，有关部门和单位正在积极清理追缴。对13个单位违规出借、对外投资和投入股市的3.27亿元科技资金，已收回1.9亿元，占58%。对其余资金，有关单位正在积极清理。对科技部原中国生物工程开发中心使用科研经费800万元与民营企业共同开办公司的问题，科技部高度重视，责成该单位认真清理，目前已将资金全部收回，拟纳入部门预算统筹安排。
关于有些课题和项目预决算编制不真实，科研成本核算不规范的问题。对13个单位虚编课题预算等3.63亿元的问题，已通过调整预算和账目、制定规章制度等方式纠正2.91亿元，占80%。对16个单位虚报课题和项目支出决算1.3亿元的问题，已通过调整决算和账目、制定规章制度等方式纠正8100万元，占62%。对20个单位存在的已完成课题但不按规定结转结余经费2.09亿元的问题，已通过办理结转、滚动立项等方式纠正1.71亿元，占82%。对其余尚未纠正的问题，有关单位正在积极清理账目、重新编报预决算。
（四）审计和调查水利部及长江水利委员会等7个流域机构和湖南、湖北等15个省（区、市）水利建设资金发现问题的纠正情况。水利部十分重视审计发现的问题，召开落实审计决定的专题会议，部署落实整改措施，并下发了《关于在水利工程建设中禁止施工监理同体的通知》和《水利建设工程施工分包管理规定》等规范性文件。有关省（区、市）也提出了具体的整改意见。
关于有1/3的项目未按期建成，有些项目存在质量隐患的问题。未按计划建成的109个项目中，有29个项目已建成，45个项目已完成主体工程建设。对其余尚未建成的项目，有关方面正在积极筹措资金，抓紧建设。对21个存在严重质量缺陷的项目，水利部和有关地方人民政府正在积极采取措施，及时消除隐患，有的已完成整改。如河南省信阳病险水库的质量隐患，当地人民政府迅速组织返工整修，已按设计要求建成。对山西省在2003年应完工的20座病险水库加固工程，实际仅完成8座的问题，该省已完成其余12座病险水库加固工程的主体工程，预计2006年底全部竣工。
关于部分水利建设资金被滞留、挤占挪用和损失浪费的问题。对水利部和7个流域机构、15个省级水利机构滞留的35.85亿元资金，已有14.55亿元按规定下拨项目建设单位，占41%。黄河下游治理等10个水利项目长期结存闲置的24亿元中央水利建设资金，大部分已用于项目建设。对陕西省财税部门从筹集的水利基金中提取业务费且大多用于发放职工补贴和奖金的问题，陕西省人民政府改进了水利建设基金征收办法，已停止提取业务费的做法。
关于违规征地、拖欠工程款和农民征地补偿款的问题。25个存在违规征地问题的项目中，已有2个项目补办了征地手续，其余项目的征地手续正在补办。对9个项目拖欠征地补偿款和农民工工资的问题，水利部重点对
黑龙江等7个省水利工程清欠工作进行了专项督查。对淮河干流陈族湾大港口圩区治理工程市县配套的1070万元建设资金，全部让农民无偿出工抵顶的问题，河南省水利厅要求全省各地合理确定配套资金，严禁让群众以劳抵资加重农民负担，今后再发生类似问题将严肃追究责任。
（五）审计太湖、淮河、海河和辽河4个重点流域水污染防治资金发现问题的纠正情况。国家环保总局十分重视解决审计发现的问题，拟在编制《重点流域水污染防治“十一五”规划》和修订《水污染防治法》中增加进一步改进重点流域计划编制和监督实施工作等内容。审计查出上述4个重点流域内12个省挤占挪用的15.66亿元水污染防治资金，各地已整改14.16亿元，占90%；其余被挤占挪用的资金也已制定整改计划，正在进一步落实。通过这次审计，移送有关部门立案查处的案件线索1起，依法追究刑事责任3人。根据审计建议，有4人受到行政警告、停职等处理。
（六）审计调查16个省（区、市）县际和农村公路改造工程发现问题的纠正情况。“十一五”期间，中央将投资1 000亿元，用于通乡（镇）公路、通建制村公路的路面硬化改造，铺筑沥青、水泥等路面的补助。国务院办公厅下发了《农村公路管理养护体制改革方案》，进一步明确各级人民政府对农村公路管理养护的责任，强化交通主管部门的公路养护职能，建立健全以政府投入为主的稳定的养护资金渠道，加快公路养护的市场化进程。对部分地方将国道、省道项目纳入农村公路改造范围的问题，交通部下发了《中央车购税投资补助农村公路建设计划管理暂行办法》，明确了擅自更改项目、骗取中央补助资金、挪用建设投资等问题的具体处理意见。对拖欠工程款和征地补偿费等损害群众利益的问题，交通部专门下发通知，就预防和解决交通建设领域拖欠工程款问题提出了具体措施和要求。对部分省（区）在公路建设中超越自身承受能力，大量向银行借款，还本付息困难的问题，交通部正在研究具体意见。
另外，关于退牧还草项目审计调查中发现的问题，西部开发办、发展改革委联合下发通知，进一步完善退牧还草政策措施，有关省（区）已将迟拨的补助饲料粮全部下拨到位。关于粮食风险基金审计调查中发现的问题，国务院已责成发展改革委、财政部、粮食局认真研究，完善粮食风险基金管理办法，准确掌握粮食储备数量和质量，逐步消化粮食企业财务挂账。关于关闭破产企业中央补助资金审计调查发现的问题，财政部、国资委已要求被审计的7个省（区）认真整改，各地结合国家整顿煤炭企业生产工作的有关要求，正在抓紧落实。
四、金融资产管理公司审计发现问题的纠正情况
中国华融、长城、东方、信达等4家资产管理公司十分重视审计发现的问题，认真落实审计决定。华融资产管理公司先后12次派出联合工作组到有关办事处进行检查和督促整改，长城、东方资产管理公司成立专门的整改领导小组，指定专人负责审计整改情况的核查和督导，信达资产管理公司在审计过程中先后派出8个检查组进行核查整改。据统计，4家资产管理公司共对191名责任人给予开除、降职、警告、罚款等处分。审计发现的各类违法犯罪案件线索40起已移交有关部门立案查处。
（一）关于违规剥离、收购和低价处置不良资产的问题。针对资产管理中出现的违规剥离、收购和低价处置等问题，4家资产管理公司在严肃处理有关责任人的基础上，着力健全和完善了内部管理制度。华融资产管理公司积极吸取教训，针对收购环节不规范的问题，在2005年6月进行的第二次不良资产收购过程中，及时出台了关于收购工商银行损失类和可疑类贷款的制度和办法；针对一些办事处收购的不良资产债权难以落实的问题，下发了《关于进一步加大剩余资产处置力度的指导意见》，绝大部分缺失的不良资产档案资料已补齐，部分债权已得到落实。长城资产管理公司完善了有关制度规定，严禁将资产出售或出租给公司员工及其亲属，并提出了明确的处理办法。东方资产管理公司在认真分析不良资产处置和管理中的评估、拍卖、公开竞价、打包处置等方面存在问题的基础上，修订、完善和补充了《资产处置审查实施细则》、《资产打包处置管理办法》等8项规章制度，进一步突出了集体审查和评处分离的原则，加强了对评估报告的审核，规范了拍卖流程和处置项目审查、执行、后续跟踪的监督检查。
对工商银行要求广东省分行等发放3.28亿元贷款，用于置换其银城等4家投资基金形成的损失问题，华融资产管理公司积极采取资产保全措施，并与工商银行联合开展资产清理和处置工作，工商银行广东省分行也对银城、银海投资基金负责人等8人分别给予撤销科级待遇、开除党籍、通报批评等处分。对建设银行湖北省枣阳市支行与当地政府、法院联手违规剥离29户企业贷款本息1844万元的问题，有关部门正在进一步查处，部分涉案人员已被逮捕。对信达资产管理公司长沙办事处低价处置位于广东省南海市130亩土地资产的问题，银监会正在牵头组织查处。对东方资产管理公司广州办事处违规低价打包处置90户企业的44.75亿元债权的问题，东方资产管理公司已对广州办事处副总经理等4人分别给予通报批评、行政记过等处分。对华融资产管理公司成都办事处原总经理低价处置债权，涉嫌经济犯罪的案件，5名涉案人员全部被逮捕，已移送有关部门处理。对长城资产管理公司长春办事处低价将33套抵债商品房拍卖给本单位职工及亲属的问题，长城资产管理公司已分别给予该办事处总经理等4人行政警告等处分。
关于受有关方面的不正当干预，一些地方企业通过不规范破产逃废金融债务问题。对湖北省475户地方企业因不规范破产，导致华融、长城、信达3家资产管理公司54.53亿元的债权总额只受偿1803万元的问题，湖北省政府高度重视，专门组织力量对1994年至2003年破产企业破产后金融债权的受偿情况进行全面清理检查，区分不同情况，逐户落实解决措施。目前，有关部门正在对以前年度不规范的做法进行清理和纠正，部分企业正在逐步清偿所欠债务。湖北省还以此为契机，进一步加大信用环境专项治理力度，推动全省信用体系建设。
（二）关于一些资产管理公司财务管理混乱的问题。4家资产管理公司通过建章立制、处理责任人、加强监督检查等办法整顿财务工作。对长城资产管理公司西安办事处截留处置回收资金2093万元，并违规占用抵债土地修建办公楼和职工住宅的问题，长城资产管理公司党委高度重视，在查清事实、分清责任的基础上分别给予该办事处原总经理等6人行政记大过等处分。对东方资产管理公司向财政部虚报职工人数，套取财政资金的问题，财政部给予了通报批评，核减其考核责任制费用率目标，并下发了《关于加强金融资产管理公司人员费用管理的通知》，东方资产管理公司也对费用开支权限和审批程序做出详细规定，进一步完善了财务制度。
五、10户中央企业原领导人员任期经济责任审计发现问题的纠正情况
被审计的10户中央企业对审计发现的问题十分重视，积极落实审计决定。中国航空工业第二集团公司多次召开专门会议，研究部署审计发现问题的整改工作。神华集团有限责任公司成立整改工作领导小组，主要领导任组长，亲自抓落实。中国海洋石油总公司把审计查出问题的整改作为保持共产党员先进性教育活动整改的重点内容。
（一）关于损益不实的问题。对多计、少计利润的问题，有关企业已调整账目154.05亿元，补缴税金9352.55万元。对常州兰翔机械总厂虚报下岗职工人数累计骗取中央财政下岗职工基本生活保障补助资金1110万元和该厂法人代表擅自用100万元公款行贿的问题，中国航空工业第二集团公司在全集团予以通报，并对该厂套取的资金从2005年起分期扣回，国家有关部门也正在对行贿问题进行查处。
（二）关于决策失误造成损失的问题。有关企业正在落实具体决策人，并将进一步强化风险管理和内部控制。国家开发投资公司对其擅自向民营企业提供担保造成损失4226万元的问题，正在采取措施，努力挽回损失，并吸取教训，启动全面风险管理体系建设工作，进一步完善资金管理、担保管理等内部控制制度。
（三）关于违规处置资产、关联方交易让利、违规经营等造成损失的问题。有关企业将进一步明确责任，规范资产交易，加强内部管理和监督。神华集团有限责任公司对所属的国华电力公司将退役发电机组无偿交给其多经企业——北京华明热电工程公司经营，使得该公司获利8825万元，并为国华电力公司中上层干部购置商品房的问题十分重视，将依法对北京华明热电工程公司进行清算并注销其法人资格，清算后的资产收归国华电力公司所有。这次审计发现的9起涉嫌经济犯罪的案件线索已全部移送有关部门立案查处。
六、加强财政财务管理，提高资金使用效益意见的落实情况
针对审计工作报告中提出的加强财政财务管理，提高资金使用效益的意见，国务院已责成财政部等有关部门认真研究，提出具体落实措施。
（一）关于各级各部门领导要高度重视财政财务管理，切实提高管理水平的问题。从审计发现问题的整改情况看，各部门以审计为契机，积极采取措施加强财政财务管理。许多部门和单位的负责人在纠正各类违规问题的过程中亲自抓，切实加大整改力度。一些部门将审计发现的问题作为本部门保持共产党员先进性教育活动中重点整改的问题，制定了具体可行的整改措施。有的部门负责人要求在认真整改纠正的同时，要深化改革，规范管理，努力杜绝违规问题反复出现。许多部门还通过举办各种形式的培训班，努力提高干部职工的财经法纪意识和财务人员的业务水平。如国防科工委专门召集会议，分析财政资金滞留的原因，提出解决问题的十条具体措施，进一步提高了资金的使用效果。卫生部针对医院审计发现的问题，专门组织了38家部属医院院长和财务处长的培训班。电监会除积极整改审计发现的问题外，还进行了财务人员业务培训和内部自查自纠，力求全面提高电监会系统的财务管理水平。中国残疾人联合会党组和理事会召开专题会议，要求领导成员带头学习财经法规，进一步增强依法理财意识，逐条纠正了审计报告反映的问题。
（二）关于建立科学的支出标准和预算定额，进一步推进部门预算改革的问题。财政部提出4点落实意见：一是进一步完善现行的定员定额标准，结合各部门职责分工和近几年定额执行情况，调整现有定额标准，完善定员定额管理体系，使之更加科学规范；二是积极推进实物费用定额试点工作，结合中央部门资产清理和人员数据库的建立，摸清家底，统一管理，统筹使用政府资产，逐步解决各部门公共资源占用不平衡的问题；三是结合事业单位体制改革，逐步扩大事业单位定员定额管理的范围，研究建立事业单位基本支出定额管理办法和开支标准；四是进一步推进预算外收支管理改革，规范预算外收入使用范围。
（三）关于进一步改进中央基本建设预算管理，完善政府投资宏观调控体系的问题。发展改革委提出以下措施：一是今后将按照“五个统筹”和建设社会主义新农村的要求，继续加大对农村教育、卫生、文化、基层政权建设等方面建设项目的安排和投资补助；二是将进一步完善以专项建设规划或建设方案为指导的转移支付制度，通过规定明确的安排范围、补助标准、申报和审核工作程序，要求地方必须把补助投资明确到具体项目；三是在实践中将不断改进和完善有关工作，进一步加强对补助地方专项投资的管理，并结合中央、地方事权和财权的划分，完善投资体制改革。
（四）关于完善制度，建立科学规范的金融资产管理公司运行机制的问题。国务院相关主管部门十分重视审计查出的问题和审计建议。财政部、人民银行、银监会下发通知，要求加强国有商业银行不良贷款剥离过程中的责任追究工作。财政部明确了金融资产管理公司债权资产打包转让的具体操作办法，要求财政部驻各地专员办加强审查，并对停止实施债转股项目的债权资产处置和考核等作出具体规定。银监会修订下发了《不良金融资产处置尽职指引》。4家资产管理公司着力通过强化内部管理，规避经营风险。华融资产管理公司制定和修订规章制度100多项，全面加强内部控制建设；长城资产管理公司正在着手建立风险防范长效机制，制定和修订了30多项规范性文件，加大了对违规违纪事件的处罚力度；东方资产管理公司对183项规章制度进行了全面清理完善；信达资产管理公司在全系统深入开展职业道德和遵章守纪教育活动，不断强化依法经营和风险防范意识。